Οι βασικές δομές για τις διαδικασίες διασφάλισης ποιότητας είναι, σε εθνικό επίπεδο, η Εθνική Αρχή Ανώτατης Εκπαίδευσης (ΕΘΑΑΕ) και σε επίπεδο πανεπιστημίου, η Μονάδα Διασφάλισης Ποιότητας (ΜΟΔΙΠ) και οι Ομάδες Εσωτερικής Αξιολόγησης των Ακαδημαϊκών Τμημάτων (ΟΜΕΑ).

Η ΕΘΑΑΕ (https://www.ethaae.gr/el/) είναι ανεξάρτητο θεσμικό όργανο με διοικητική αυτοτέλεια, το οποίο εποπτεύεται από τον Υπουργό Παιδείας και Θρησκευμάτων για τον έλεγχο νομιμότητας των πράξεων της. Έχει ως αποστολή την υποστήριξη των ΑΕΙ στην πραγματοποίηση των διαδικασιών που στοχεύουν στη διασφάλιση και βελτίωση της ποιότητας του παρεχόμενου έργου τους, την εγγύηση της διαφάνειας των διαδικασιών, την προαγωγή της έρευνας σε συναφή ζητήματα και την ενημέρωση της Πολιτείας και των ιδρυμάτων για τις σύγχρονες διεθνείς εξελίξεις και τάσεις στον τομέα αυτόν.