Η αποστολή του Ελληνικού Μεσογειακού Πανεπιστημίου, ως ένα δημόσιο Πανεπιστήμιο, έγκειται πρωτίστως στους εξής άξονες: (α) ποιοτική εκπαίδευση των φοιτητών, τόσο σε προπτυχιακό όσο και σε μεταπτυχιακό επίπεδο, (β) διεξαγωγή συστηματικής, ποιοτικής έρευνας και υλοποίηση διδακτορικών σπουδών υψηλού επιπέδου, (γ) διαρκής αλληλεπίδραση με την κοινωνία, τους φορείς και τις παραγωγικές δυνάμεις της χώρας, καθώς επίσης και (δ) καλλιέργεια στους φοιτητές και στην κοινωνία των αρχών της δημοκρατίας, της ισότητας, της προόδου, της κοινωνικής συνοχής, της αλληλεγγύης και της δικαιοσύνης.
- Εκπαίδευση: Συστηματική αναβάθμιση των προγραμμάτων σπουδών με έμφαση στις εξελίξεις στην επιστήμη, στην εφαρμογή των νέων τεχνολογιών και σύγχρονων μεθόδων διδασκαλίας. Αλληλεπίδραση με τους κοινωνικούς, επαγγελματικούς και οικονομικούς φορείς για την προσαρμογή των προγραμμάτων σπουδών στις σύγχρονες ανάγκες της κοινωνίας και της οικονομίας σε τοπικό, εθνικό και διεθνές επίπεδο. Διεθνοποίηση των
σπουδών και συστηματική προσπάθεια για την αύξηση της διεθνούς κινητικότητας των φοιτητών και του προσωπικού. - Έρευνα: Ενίσχυση της έρευνας με τη διεκδίκηση ερευνητικών προγραμμάτων, την ανανέωση των υποδομών, την κοινή χρήση ερευνητικών υποδομών σε τοπικό, εθνικό και διεθνές επίπεδο. Ανάδειξη των εργαστηρίων, των Ινστιτούτων και του Πανεπιστημιακού Ερευνητικού Κέντρου σε κέντρα ερευνητικής αριστείας που θα προσελκύουν και θα στηρίζουν τους νέους ερευνητές και θα προβάλλουν το Πανεπιστήμιο σε εθνικό και διεθνές
επίπεδο. - Διασύνδεση με την κοινωνία και την οικονομία: Διαρκής αλληλεπίδραση με τους κοινωνικούς, αυτοδιοικητικούς και παραγωγικούς φορείς με στόχο αφενός την αξιοποίηση της γνώσης που παράγεται στο Πανεπιστήμιο από την κοινωνία και αφετέρου την ώσμωση των μελών της Πανεπιστημιακής κοινότητας με τα ζητήματα και τα πραγματικά προβλήματα που απασχολούν την κοινωνία και την οικονομία.
- Καλλιέργεια αρχών: Το Πανεπιστήμιο διαχρονικά οφείλει να συμβάλλει με όλους τους τρόπους στην καλλιέργεια των αρχών της δημοκρατίας, της ισότητας και της κοινωνικής δικαιοσύνης στους φοιτητές και στην κοινωνία. Αυτή η προσπάθεια πρέπει να είναι διαρκής μέσω δράσεων, παρεμβάσεων και εκδηλώσεων στον πανεπιστημιακό και τον κοινωνικό χώρο.